江苏省农业水土资源高效利用与固碳减排工程研究中心设置理事会、技术委员会和日常运行机构。
理事会主要负责审定“工程中心”运行和发展中的重大决策和问题，加强各部门之间的协调工作，规范共享服务平台的建设和管理工作；审议“工程中心”年度工作报告，审定下一年度工作计划。至少每年召开一次会议。
技术委员会主要为“工程中心”的发展目标、任务、研究方向和技术发展动态提供具体的咨询和建议，审议有关工程技术研究开发工作规划、评价工程设计试验方案、提供技术经济咨询及市场信息等。
中心设置主任1名，副主任3名，具体负责中心的建设和运行。
